Um einen Link von oder zu einer Unterseite anzulegen, kann man normalerweise einfache WikiLinks verwenden, ohne dass diese den Namen des Verzeichnisses enthalten, in dem die Unterseite liegt. Ikiwiki läuft dann die Verzeichnishierarchie ab und sucht nach einer Seite, die zu dem angegebenen Link passt.

Wenn zum Beispiel FooBar/UnterSeite einen Link auf AndereSeite enthält, wird ikiwiki bevorzugt auf FooBar/UnterSeite/AndereSeite verweisen, wenn diese existiert, dann auf FooBar/AndereSeite und schließlich auf AndereSeite im Wurzelverzeichnis des Wikis.

Insbesondere bedeutet dies, dass wenn ein Link auf FooBar/EineSeite auf AndereSeite momentan auf AndereSeite im Wurzelverzeichnis des Wikis verweist, und FooBar/AndereSeite erstellt wird, dann ändert sich das Ziel des Links auf FooBar/AndereSeite. Andererseits würde ein Link von BazBar auf AndereSeite durch das Anlegen einer Unterseite von FooBar unverändert bleiben.

Man kann auch einen Link mit Verzeichnisnamen angeben, etwa FooBar/AndereSeite, um genauer anzugeben auf welche Seite verwiesen werden soll. Nur so kann auf eine Unterseite einer anderen Seite verwiesen werden.

Man kann dies zum Beispiel dazu verwenden, um einen Link von BazBar auf FooBar/UnterSeite oder von BazBar/UnterSeite auf FooBar/UnterSeite anzulegen.

Man kann auch / am Anfang des Links verwenden, um die Zielseite genau zu spezifizieren, wenn es mehrere Seiten mit ähnlichen Namen gibt und der Link standardmäßig zur falschen geht. Zum Beispiel zeigt der Link /AndereSeite auf der Seite FooBar/UnterSeite auf AndereSeite im Wurzelverzeichnis des Wikis, selbst wenn es eine FooBar/AndereSeite gibt.

Wenn das Wiki mit einem userdir konfiguriert ist, kann man außerdem die Seiten im Benutzerverzeichnis direkt verlinken, ohne einen Pfad anzugeben. Dadurch können leichter Links auf die Seite eines Benutzers gesetzt werden, etwa beim Signieren eines Kommentars. Diese Links werden als letzte von allen in Betracht gezogen.