Pro vytvoření odkazu z/na podstránku můžete použít běžný wiki odkaz, který neobsahuje název rodičovského adresáře podstránky. Ikiwiki postupuje hierarchií adresářů a hledá stránku, která odpovídá zadanému odkazu.

Například pokud stránka Cokoliv/Podstránka odkazuje na „JináStránka“, bude ikiwiki preferovat odkaz na Cokoliv/Podstránka/JináStránka (pokud existuje), potom Cokoliv/JináStránka a na závěr odkaz na JináStránka v kořenu wiki.

To mimo jiné znamená, že pokud odkaz „JináStránka“ na stránce Cokoliv/NějakáStránka momentálně odkazuje na stránku JináStránka v kořenu wiki a někdo vytvoří stránku Cokoliv/JináStránka, odkaz se změní a začne ukazovat na Cokoliv/JináStránka. Na druhou stranu odkaz z DalšíStránka na JináStránka by vytvořením podstránky v adresáři Cokoliv zůstal nezměněn.

Pro přesnější určení, kam má odkaz ukazovat, je možné zadat odkaz včetně jména adresáře, např. „Cokoliv/JináStránka“. Toto je jediný způsob, jak se odkazovat na nesouvisející podstránku.

Můžete tak odkazovat například ze stránky DalšíStránka na „Cokoliv/Podstránka“, nebo z DalšíStránka/Podstránka na „Cokoliv/Podstránka“.

Pokud ve wiki existuje několik stránek se stejnými názvy a odkaz se vytváří na nesprávnou stránku, můžete na začátku odkazu použít „/“ a zapsat absolutní cestu ke stránce. Například odkaz z „Cosi/Podstránka“ na „/JináStránka“ se bude odkazovat na stránku v kořenu wiki i v případě, že existuje „Cosi/JináStránka“.

Pokud je wiki nastavena s volbou „userdir“, můžete se odkazovat na stránky uvnitř uživatelského adresáře bez nutnosti zadávání cesty. To umožňuje jednoduché odkazování na uživatelovu stránku, podepsání komentáře. Tyto odkazy jsou kontrolovány jako poslední.