ikiwiki understøtter placering af sider i et mappehierarki. Eksempelvis har denne side, UnderSide, nogle relaterede sider placeret under sig, bl.a. HenvisningsRegler. dette er en praktisk måde at bringe orden i din wiki fremfor blot at have een stor mappe fuld af sider.

En UnderSide oprettes ved blot at oprette en undermappe og tilføje sider til den. Denne side er eksempelvis subpage.mdwn i kildekoden til denne wiki, og der er også en subpage undermappe, som indeholder subpage/linkingrules.mdwn. Undersider kan nedarves så dybt som du har lyst.

Henvisninger til og fra en ?UnderSide er forklaret under ?HenvisningsRegler.