ikiwiki podporuje ukládání stránek do adresářové hierarchie. Například tato stránka, SubPage, má pod sebou umístěno několik příbuzných stránek, jako je LinkingRules. Adresářová hierarchie je vhodným nástrojem pro zavedení pořádku ve wiki - určitě to je lepší, než mít jeden adresář plný stránek.

To add a SubPage, just make a subdirectory and put pages in it. For example, this page is subpage.mdwn in this wiki's source, and there is also a subpage subdirectory, which contains subpage/linkingrules.mdwn. Subpages can be nested as deeply as you'd like.

Vytváření odkazů na podstránky je vysvětleno v pravidlech vytváření odkazů.