In ikiwiki werden Seiten in einem Verzeichnisbaum angeordnet. Zum Beispiel gibt es unterhalb dieser Seite, SubPage, einige verwandte Seiten, etwa LinkingRules. Dies ist eine nützliche Möglichkeit, Ordnung in ein Wiki zu bringen und nicht nur ein riesiges Verzeichnis voller Seiten zu haben.

Um eine Unterseite hinzuzufügen, legt man einfach ein Unterverzeichnis an und erstellt darin Seiten. Zum Beispiel ist diese Seite subpage.mdwn in der Quelle dieses Wikis und es existiert auch ein Unterverzeichnis subpage, das subpage/linkingrules.mdwn enthält. Unterseiten können beliebig tief verschachtelt werden.

Wie Links auf Unterseiten gesetzt werden, wird in LinkingRules erklärt.